李奇渊 教授、博导
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2014年国家高层次青年人才
2017年厦门市高层次引进人才
2017年南强青拔人才
2021年福建省高层次人才B类
教育和研究经历
2017.11- 至今 厦门大学医学院，教授
2012.03-2017.10 厦门大学医学院，副教授
2010.03-2012.03 哈佛大学癌症中心，博士后
2006.07-2011.01 丹麦科技大学，系统生物学，博士
2004.08-2006.04 丹麦科技大学，生物信息学，硕士
2000.9-2003.07 厦门大学，细胞生物学，硕士
1996.9-2000.7 华东理工大学 本科
在完成丹麦科技大学博士学位后，李奇渊博士在美国哈佛大学癌症中心开展了深入的博士后研究，期间他以共同第一作者，在国际顶尖学术期刊Nature Medicine上发表了重要研究成果。自2012年入职厦门大学医学院后，李奇渊教授已在包括Cell，Nature Communications，Cancer Research，Genome Medicine，eLife，EBiomedicine，Briefings in Bioinformatics等国际知名期刊上，以第一作者或通讯作者的身份发表发表了SCI论文59篇，H-index 36，论文累计他引10884次。目前主持的在研项目有2项国家自然科学基金面上项目、7项市级研究项目，参与多项国家级、省部级、市级研发项目，总支持经费2千万元。
主要研究方向
1.肿瘤演进研究：运用统计学模型从遗传多态性，体细胞变异，表观基因组学和基因表达等多组学数据中寻找与肿瘤分型，预后，靶向治疗敏感性等临床特征有关的决定因子并解释其调控机制；在此基础上建立基于多组学关联的复杂网络模型，应用人工智能方法发现新的肿瘤驱动基因
2.染色质三维结构预测：基于图神经网络的跨细胞系染色质三维结构预测，利用GCN框架预测跨细胞系Hi-C数据和表达数量性状位点（Expression Quantative Trait Loci, eQTL）
3.单细胞转录组算法研究：基于K-means和Louvain的大型单细胞聚类算法；基于最小无偏代表点（MURP）的降采样算法；基于单细胞转录组的时间分化轨迹研究；基于单细胞转录组的空间重构
4.利用单细胞测序技术研究母胎界面免疫微环境中T淋巴细胞演进路线的重建及其转录调控；利用单细胞测序技术研究吸烟对于肺癌免疫微环境的影响
5.基于无创产前检测（NIPT）的体细胞突变图谱与肿瘤的关联性研究
6.医保大数据研究：医保定点医药机构布局规划专项业务，本项目应用网格化地理信息管理和大数据技术，实现对城市参保人口医保资源有效供给的精准化评价和管理，对城市新增定点医疗机构和药店的地理设置提供实时评估和咨询；向医保管理部门和社会提供实时精准的资源呈现，为医保定点医疗机构存量管理和增量规划提供统计依据
研究基金及课题
国家自然科学基金委员会, 面上项目, 82272944, 肿瘤演进过程中DNA甲基化重编程的标签及其驱动因素, （2023.01 - 2026.12）,主持
科技部-国家重点研发计划,生育健康及妇女儿童健康保障,2022YFC2704801 , 极/超早产儿数据库及专病队列建设与精准防治体系建立, （2022.12 -2025.11）,参与
国家自然科学基金面上项目 复发性体细胞变异对肿瘤基因表达的决定作用及其分子机制，项目编号：31371289（2014.01-2017.12）,主持
厦门市医疗保障中心，2022至2023年度医保基金运行风险分析与精算服务，2023-12-10至2024-02-23，主持
厦门眼科中心有限公司，2019-2022全国中小学生视力健康校筛数据分析报告，2023-10至2024-03，主持
厦门市创新生物医药研究院，基于全转录组测序的肿瘤样本癌蛋白活性分析及靶向药物匹配的肿瘤精准治疗分析软件，2023-07至2025-07，主持
启真生物科技（厦门）有限公司，厦门大学医学院-启真生物”细胞应激研究创新单元转化平台” ，2022-12至2027-12，参与
厦门市医疗保障中心，2021年度医保基金运行风险分析与精算服务合同，2022-10至2022-12，主持
佛山市医疗保障局，医保定点医药机构 布局规划决策支撑服务系统项目，2022-09至2023-09，主持
翼健（上海）信息科技有限公司，生物信息分析服务，2021-12至2022-3，主持
厦门眼科中心有限公司，2019-2021全国中小学生视力健康校筛数据分析报告，2022-04至2023-04，主持
厦门市翔安区卫生健康局，翔安区基层医疗卫生信息化发展状况及建议，2022-01至2022-02，主持
厦门市医疗保障中心，2021-2023年医保定点医药服务资源配置分析，2021-12至2024-12，主持
厦门基源医疗科技有限公司，新生儿遗传代谢病基因筛查技术开发及临床应用，2021-11至2023-11，主持
厦门市医疗保障中心，2020年度医保基金运行风险分析与精算服务，2021-09至2021-11，主持
厦门攸基数据科技有限公司，厦门大学医学院—攸基院企联合智慧健康研发中心，2021-7至2026-7，主持
北京树培医疗科技有限公司，中华医学会腹膜后肿瘤队列数据管理平台，2021-1至2021-04，主持
正大天晴药业集团股份有限公司，厦门门诊统筹控费政策分析研究，2020-08至2020-12，主持
厦门市翔安区卫生健康局，翔安区医疗卫生数据综合治理及医疗保障管理系统建设（一期）技术服务，2020-8至2021-7，主持
厦门市医疗保障中心，2019年度医保基金运行风险分析与精算服务，2020-06至2020-10，主持
中国太平洋人寿保险股份有限公司厦门分公司，长护险产品模型设计研究及模拟，2020-04至2020-09，主持
上海覃谷生物技术有限公司，游离DNA甲基化突变阳性参考品的制备技术，2019-07至2021-07，主持
厦门医数通医疗科技有限公司，合理用药人工智能决策引擎构建，2019-07至2020-01，主持
厦门市医疗保障基金管理中心，医保基金管理和风险与精算服务，2019-05至2019-10，主持
厦门市健康医疗大数据管理中心，厦门区域业务集成平台--厦门市医疗和疾控数据资源目录，2019-05至2019-11，主持
社会任职
2024年-至今 厦门外国语学校瑞景分校 科学副校长
2024年-至今 厦门大学附属妇女儿童医院儿科 双聘主任
2018年-2024年 厦门大学附属第一医院儿科 双聘主任
2023年-至今 中国细胞生物学学会 功能基因组信息学与系统生物学分会 委员
2021年-至今 福建省生物信息学学会 副秘书长，理事
2021年-至今 中国医疗保健国际交流促进会—健康数据与数字医学分会 委员
2020年-至今 中国优生优育协会妇科肿瘤专业委员会 副主任委员
2019年-至今 厦门大学医学院医学伦理委员会 委员
2018年-至今 数字福建健康医疗大数据研究所 副所长
2018年-至今 厦门大学附属第一医院血液学系 兼职教授
2017年-至今 厦门大学健康医疗大数据国家研究院 副院长
代表性成果
1. Huanhuan Liu, Qinwei Chen, Jintao Guo, Ying Zhou, Zhiyu You, Jun Ren, Yuanyuan Zeng, Jing Yang, Jialiang Huang, Qiyuan Li*, Epigenome-augmented eQTL-hotspots reveal genome-wide transcriptional programs in 36 human tissues, Briefings in Bioinformatics, 2024, 25(3): bbae109.
2. Qingqing Qin, Ying Zhou, Jintao Guo, Qinwei Chen, Weiwei Tang, Yuchen Li, Jun You, Qiyuan Li*. Conserved methylation signatures associate with the tumor immune microenvironment and immunotherapy response. Genome Medicine 16, 47 (2024).
3. Jun Ren, Xuejing Lyu, Jintao Guo, Xiaodong Shi, Ying Zhou, Qiyuan Li*.CDSKNNXMBD: a novel clustering framework for large-scale single-cell data based on a stable graph structure[J]. Journal of Translational Medicine, 2024, 22(1): 233.
4. Xuejing Lyu; Shaona Wang; Jiaxin Zhong; Lingzhu Cai; Yanhui Zheng; Ying Zhou; Ying Zhou;Qionghua Chen; Qiyuan Li* ; Gut microbiome interacts with pregnancy hormone metabolites in gestational diabetes mellitus, Frontiers in Microbiology, 2023, 14.
5. Jintao Guo, Ying Zhou, Chaoqun Xu, Qinwei Chen, Zsófia Sztupinszki, Judit Börcsök, Canqiang Xu, Feng Ye, Weiwei Tang, Jiapeng Kang, Lu Yang, Jiaxin Zhong, Taoling Zhong, Tianhui Hu, Rongshan Yu, Zoltan Szallasi, Xianming Deng, Qiyuan Li*; Genetic Determinants of Somatic Selection of Mutational Processes in 3,566 Human Cancers, Cancer Research, 2021, 81(16):4205-4217
其他发表论文链接：https://scholar.google.com/citations?user=WGvpT-8AAAAJ&hl=zh-CN
